企業沒有與員工簽勞動合同而支付的賠償款，是否有代扣代繳個人所得稅的義務？法院判決說：不需要！
【案件詳情】
絲科公司以法人另一家公司的名義與一名員工簽訂勞動合同，后雙方因辭退一事存在爭議，提起訴訟。最終判決絲科公司與該員工不構成勞動合同關系，絲科公司應作出以下賠償：
√ 雙倍工資賠償差額：絲科公司與該員工未簽訂勞動合同，違法用工，應加付賠償1倍的工資19089.66元；
√ 解除勞動合同經濟補償金：經調查屬于雙方協商一致辭退，絲科公司應依法支付解除勞動關系補償4000元；
√ 加班工資：對該員工延長加班、休息日加班、節假日加班分別支付1.5倍、2倍、3倍的工資。
復議審查期間，稅局就絲科公司支付給員工的上述賠償是否需要代扣繳個稅作出回復：雙倍工資賠償差額不屬于個人所得稅征稅范圍，不需要代扣代繳個稅；解除勞動合同經濟補償金、加班工資屬于任職期間的工資薪金所得，應代扣代繳個稅。
【理道分析】
1. 未簽訂合同，賠償部分要不要代扣代繳個稅？
未簽訂勞動合同給予賠償的，不需要由支付單位代扣代繳個稅。
首先，根據《勞動合同法》的規定，用人單位與員工未簽訂書面勞動合同的，應向員工每月支付2倍的工資。
其次，員工取得雙倍工資賠償，不需要繳納個人所得稅。雙倍工資差額，并非是員工因任職受雇取得的勞動所得，也不屬于個人所得稅法列舉的個人所得稅征稅范圍，而是對用人單位不履行法定義務的處罰，帶有懲罰性質，即使受益方是員工，也不改變罰款性質，不需要征收個人所得稅。
2. 支付的解除勞動合同經濟補償金，個稅如何代扣代繳？
絲科公司支付的解除勞動合同經濟補償金，在當地上年職工平均工資3倍數額以內的部分，免征個人所得稅；超過部分，不并入當年綜合所得，單獨適用綜合所得稅率表計算繳納個稅。
雖然絲科公司與該員工沒有簽訂勞動合同，但《勞動合同法》對用人單位支付解除勞動合同的補償金，并未把簽訂勞動合同作為取得賠償的要件。因此未簽訂勞動合同，取得解除勞動合同的經濟補償金，也適用上述稅收優惠政策。
3. 企業補發以往月份的工資，要怎么處理？如果補發的是以前年度的呢？
目前個稅實行累計預扣預繳制度，因此補發2019年1月1號開始累計應發放的工資，在實際發放時繳納個人所得稅即可。
但如果補發的是2019年之前的工資，各地稅務操作有差異：
比如江蘇省稅局答復，不管會計上如何處理，補發的工資都在實際發放時計入當月工資薪金征收個人所得稅；
而廈門市的稅局答復挺有意思：如果是勞動仲裁或法院判決而補發的工資，需更正之前稅款所屬期的申報。如果不屬于，則按正常月薪申報個人所得稅。
廣東省這邊的企業也別為難，可以參考已廢止的粵地稅發[1999]239號，將補發的工資分攤回所屬月份工資薪金所得合并計征個人所得稅，就是把補發部分更正到以前月份進行申報。
綜上，對這類各地稅局操作存在差異的問題，建議企業最終以主管稅務機關的口徑為準。
參考法規：國家統計局第1號令、《個人所得稅法》、財稅[2001]157號
法院判決書：
二審：
再審復審：
復議裁定書：
